على الرغم من انصراف الإمام الباقر إلى العلم ونشر الدين فإنّ حكّام بني أميّة لم يكونوا يتحملون وجوده، خاصّة بعد أن عرف الناس فضله وعلمه، وبهرتْهم شخصيّتُه الأخلاقية والإنسانية، كما أن انتسابه إلى الرسول صلى الله عليه وآله عزَّز من مكانته في قلوب المسلمين.
كان هشام يفكر في القضاء على الإمام، وأخيراً سنحتْ له الفرصة فدسّ له السمّ على يد إبراهيم بن الوليد بن يزيد، واستشهد الإمام في 7 ذي الحجة سنة 114 هجرية. بعد أن عاش 57 سنة قضاها في التقوى والصلاح وخدمة الإسلام والمسلمين ونشْر علوم أهل البيت عليهم السلام.
تولّى الإمام الصادق عليه السلام تجهيز جثمان أبيه عليه السلام، وبعد تشييع حافل لم تشهد المدينة نظيراً له، جيء بجثمانه الطاهر إلى مقبرة البقيع في المدينة المنوّرة، فدُفن بجوار قبر عَمّ أبيه الإمام الحسن المجتبى عليه السلام، وبجوار قبر أبيه الإمام علي زين العابدين عليه السلام.

من كلمات المضيئة:
1- ما دخل قلب امرئ شيء من الكبر إلاّ نقص من عقله.
2- عالم ينتفع بعلمه أفضل من ألف عابد.. والله لموت العالم أحبّ إلى إبليس من موت سبعين عابداً.
3- قال لأحد أولاده: يا بني إياك والكسل والضجر فإنهما مفتاح كل شرّ، إنّك إن كسلت لم تؤدِّ حقاً، وإن ضجرت لم تصبر على حق.
4- كفى بالمرء عيباً أن يبصر من الناس ما يعمى عليه من نفسه، وأن يأمر الناس بما لا يستطيع التحوّل عنه وأن يؤذي جليسه بما لا يعنيه.
5- قال لأحد أصحابه: أوصيك بخمس: إن ظُلمت فلا تَظلم، وإن خانوك فلا تخُن، وإن كُذبت فلا تغضب، وإن مُدحت فلا تفرح، وإن ذممت فلا تجزع.